Tuy một số quan lại, tướng lĩnh nhà Nguyễn cùng một số sĩ phu yêu nước còn nổi dậy chống lại người Pháp, nhưng đến cuối thế kỷ 19, các lực lượng này cơ bản đã bị trấn áp. Cuộc chiến chống Pháp xâm lược của người Việt hoàn toàn thất bại. Nước Đại Nam sau gần 460 năm giành lại độc lập (tính từ khi khởi nghĩa Lam Sơn đánh đuổi quân Minh thành công) lại bị mất nước, rơi vào tay nước ngoài đô hộ.

Sau các Hòa ước Harmand và Patrenôtre, nhà Nguyễn chỉ còn cai quản Trung Kỳ với chế độ bảo hộ, không có quyền tự chủ về quân đội, tài chính, ngoại giao[98]. Vua nhà Nguyễn chỉ lo việc cúng tế, khi nhóm họp các quan thì phải dưới quyền chỉ huy của Khâm sứ người Pháp không mang triều phục.

Về hình thức, bộ máy triều đình Huế không thay đổi (vẫn có vua, Cơ mật viện, các Thượng thư...) nhưng về bản chất đã hoàn toàn thay đổi. Tuy không bị người Pháp xóa sổ, nhưng đây chỉ còn là triều đình bù nhìn, trên thực tế không có quyền hành, chỉ là những viên chức phục vụ theo chính sách của Pháp. Thỉnh thoảng họ được mở hội nghị Cơ mật viện hoặc Hội đồng thượng thư do Khâm sứ Trung kỳ chủ tọa làm tư vấn lấy lệ. Do không có quân đội, Bộ Binh trong triều đình Huế cũng bị bãi bỏ[98].

Người Pháp mở rộng lãnh thổ thuộc địa tại bán đảo Đông Dương sau khi đã xâm chiếm Campuchia (1863). Sau khi chiếm Đại Nam không lâu, Pháp chính thức thôn tính Lào (1893), áp đặt sự thống trị trên toàn bộ Đông Dương.[99]